國內航線

復興航空飛航國內台北、台南、高雄、花蓮、金門、馬公等六個據點七條航線，提供每天約82個班次的飛航服務。

國際航線

國際則有台北-澳門（每週42班）、高雄-澳門（每週14班）、台北-釜山（每週4班）三條定期航線。並與上海、 廈門、山東等三家中國大陸航空公司聯程轉運合作，經澳門轉機至上海（每天2班）、廈門（每天1班）、福州（每天1班）、杭州（每天2班）、北京（每天1班）、南京(每週5班)、深圳（每天1班）等內地 重要城市。另有不定期飛航韓國、美娜多及東南亞各地包機。